Tel qu’il se présente aujourd’hui, le Musée de Délos compte neuf salles d’exposition. Il se distingue par sa collection de l’art plastiquearchaïque des Cyclades, ses spécimens de peinture hellénistique et ses représentations de la vie quotidienne.

Les deux premières salles hébergent des oeuvres de l’art plastique archaïque de Naxos et de Paros. L’exposition se prolonge dans la troisième salle, qui accueille surtout des oeuvres du Ve siècle av. J.-C.  

Dans les trois salles suivantes on peut contempler des oeuvres plastiques de l’époque hellénistique ainsi qu’une fort intéressante série de portraits. La septième salle contient des spécimens de décoration de maisons, des mosaïques, des peintures murales, des meubles,des figurines et des vases en marbre et en terre cuite. Les deux dernières salles permettent enfin de suivre l’évolution de la peinture cutuelle depuis l’époque géométrique jusqu’à la fin de l’époque archaïque.